Budimex Kolejnictwo S.A. jest certyfikowanym przewoźnikiem kolejowym posiadającym wydaną przez Prezesa Urzędu Transportu Kolejowego licencje na przewóz towarów oraz świadczenie usług trakcyjnych.
W roku 2018 w Spółce został wdrożony a następnie certyfikowany System Zarządzania Bezpieczeństwem w transporcie kolejowym – czego potwierdzeniem jest otrzymanie certyfikatu bezpieczeństwa w części A oraz części B.
Jednocześnie w Budimex Kolejnictwo S.A. funkcjonuje System Zarządzania Utrzymaniem, na co został wydany przez Prezesa Urzędu Transportu Kolejowego certyfikat dla podmiotu odpowiedzialnego za utrzymanie pojazdów kolejowych. Certyfikat ten potwierdza, że wszelkie czynności związane z utrzymaniem taboru kolejowego wykonywane są w sposób prawidłowy i bezpieczny.
Otrzymanie przez Spółkę powyższych certyfikatów potwierdza, iż Budimex Kolejnictwo S.A. działa w obszarze rynku kolejowego z zachowaniem wszelkich standardów przyjętych w Polsce i Unii Europejskiej, a jej usługi stoją na najwyższym poziomie z zachowaniem bezpieczeństwa dla wszystkich uczestników rynku.
Wszystkie pojazdy kolejowe, również pojazdy specjalne, Budimex Kolejnictwo S.A. posiadają dopuszczenie do eksploatacji lub zezwolenie na eksploatacji wydane przez Prezesa Urzędu Transportu Kolejowego.